In Münster entstanden Hoffmanns große wissenschaftliche Arbeiten auf therapeutischem Gebiet und auf dem der Medizinalverwaltung. Von 1764–1785 organisierte und leitete Hoffmann das münsterische Medizinalwesen. Nach seinen Vorschlägen richtete der Kurfürst 1773 ein Collegium medicum als oberste Medizinalbehörde – etwa einem Landesgesundheitsamt vergleichbar – ein. Gleichzeitig verfasste Hoffmann eine neue Medizinalordnung. Dieses bedeutsame Reformwerk und seine ausgedehnte Privatpraxis verschafften ihm einen ausgesprochen internationalen Ruf.
Zu Hoffmanns Patienten gehörten u.a. die Fürstin Gallitzin, der Graf von Plettenberg, Graf von Nesselrode, ein Graf Puschkin, der Dichter Gottfried A. Bürger. Bürger nannte Hoffmann den schnurrigen Hoffmann, weil er von ihm keine Mittel und Pillen erhalten konnte. Hoffmann diskutierte mit Bürger nur über allerlei philosophische Fragen. Diese Art Psychotherapie scheint allerdings ihre gute Wirkung auf den Dichter nicht verfehlt zu haben. Die Fürstin Gallitzin ist von Hoffmann zwar nicht mit schönen Reden behandelt worden, doch zeigt auch der Briefwechsel zwischen ihr und Hoffmann, dass Hoffmann zumindest „außergewöhnlich“ war. Ein kurzer Abschnitt soll dem Leser nicht vorenthalten bleiben.
Hoffmann schreibt an die Fürstin: „Herr Dr. Kämpf verordnet Klistiere. Die geblendeten Kranken erstaunen über den Erfolg. Kämpf wird von seinen Anhängern gelobt, denn bei seinen Klistieren bekommen die Ärzte und auch die Apotheker viel Geld, was der ehrliche Arzt entbehren muß. Ich verehre die gnädigste Fürstin als eine Dame von außerordentlichen Einsichten. Es ist nicht wahr, dass alle Menschen gleich sind. Rechtschaffende Menschen und Betrüger, Kluge und Dumme unterscheiden sich voneinander. Meinen Rock soll kein Schuster und meine Schuhe kein Drechsler machen. Sie aber gnädigste Fürstin, Sie sollen urteilen, was bei Ihnen die Wirkung einer Krankheit und auch angewandter Klistiere war, und nun bin ich gewiß, dass unser Zwist behoben ist.“
Seit 1771 konnte Hoffmann unbeschadet seines münsterischen Amtes auch als Brunnenarzt zu Hofgeismar wirken, wofür er ein Jahresgehalt von 400 – 600 Taler erhielt.
Nach dem Tode des Fürstbischofs von Münster und Köln, Maximilian Friedrich, trat Hoffmann 1785 in die Dienste des Kurfürsten von Mainz für ein Jahresgehalt von 4.000 Talern. 1787 übernahm er dort die Aufgabe eines Direktors des Medizinalkollegiums. Mit dem Mainzer Hof flüchtete Hoffmann dann 1792 vor den hereinbrechenden französischen Revolutionstruppen nach Aschaffenburg. Hier erlebte er 1802 den Tod des Kurfürsten und das Ende des Hochstiftes Mainz. Damit endete für Hoffmann, der mittlerweile mehr als 80 Jahre alt geworden war, seine Tätigkeit im öffentlichen Dienst. Seinen Lebensabend verbrachte er in Eltville, wo er immer noch ärztlich tätig war. Er starb unverheiratet im Alter von 86 Jahren am 29. Juli 1807. Sein Grab wurde eingeebnet; der Grabstein ist nicht wieder aufgefunden worden.